Le projet "Bourgogne-France-Comté en transition" vise à interroger les conditions du maillage territorial, c'est-à-dire la mise en liens des acteurs (citoyens, associations environnementales, associations socio-culturelles, élus, institutions, entreprises, chercheurs) dans des démarches concrètes et partenariales de transition socio-écologique.

Dans ce cadre, deux expérimentations territoriales ont été menées sur les territoires du Nord Franche-Comté (aire urbaine Belfort-Delle-Héricourt-Montbéliard) et de la communauté de communes des Bertranges dans la Nièvre.

Les démarches participatives de maillage ont alors permis de faire émerger une quinzaine de projets partenariaux.